El nombre del lugar o topónimo de Villahán proviene de la aglutinación del sustantivo latino “Villa”, quinta o pequeña granja, mas el antropónimo o nombre de persona “Fanius” que daría “Hanni” y luego “Han” por lo que el significado total sería el del “lugar de la granja de Fanio”. Villahán, como otros pueblos cercanos sería reconquistado por los ejércitos cristianos del Rey Alfonso III el Magno, época en la que sería repoblada esta villa como “Villa Fan”, cuando casi todas las localidades poseían castillo y murallas.
En el siglo X Villazán pertenecía al Alfoz de Palenzuela, del condado de Castilla como otros despoblados de su entorno: Castillejos, Quintanilla Albilla, etc. Un siglo mas tarde seguía llamándose Villafan y en el solar había un monasterio.
En el siglo XIII Villa Han pertenecía al arcedianato de Palenzuela de la diócesis de Burgos. A mediados del siglo XIV era Villahán aldea de jurisdicción de Palenzuela, capital que pertenecía a la reina Doña María de Portugal, madre del rey don Pedro I de Castilla. Ya a mediados del siglo XVI era señor de Villahán de Palenzuela Don Luis Ossorio, hermano de Doña Inés y en 1675 del Almirante Enríquez.
Por los años medios mantuvieron un pleito la Duquesa de Alba y el Conde de Benavente por la pertenencia de Villahán, siendo el último el administrador de la villa, cuando contaba la villa con 100 vecinos, tenía molino harinero y en 1777 sería reconstruida la primitiva iglesia de San Andrés. En 1828 contaba la villa con 219 vecinos y en 1850 con 152 aunque el número de habitantes era superior en base a la creciente natalidad.
Villahán contaba con 762 habitantes en 1828, con 791 en 1850 y con 614 al iniciarse el siglo XX. En 1930 disponía de 583, en el 1960 de 537, en 1991 de tan solo173 y en 2006 de 113.